Mais tarde, na segunda metade do século XVIII, o Forte foi reconstruído pelo Morgado de Matheus, que tinha como objetivo de defender o Canal Guarujá / Bertioga, em conjunto com a artilharia do Forte São João, instalado também no século XVI do outro lado do estuário em Bertioga. Em 1798, passou por uma reforma geral. O Forte é tombado pelo IPHAN desde 1965.