Em dezembro de 1583, o legendário pirata inglês Edward Fenton, invadiu com seus galeões, na barra da vila de Santos ocupando-a. A ocorrência foi levada ao conhecimento do Comandante André Hygino, que fazia parte da esquadra espanhola chefiada pelo Almirante Dom Diogo Florez Valdez, que navegava na altura do litoral santista. Após se inteirar do acontecimento, o Capitão espanhol encarregado de expulsar o pirata Fenton entrou pelo canal da barra à noite, surpreendendo o inimigo, com o qual travou combate que custou o naufrágio do galeão espanhol Santa Maria de Begonha. Este galeão, junto com outros dois, dos quais um era o famoso Concepcion, afugentaram os ingleses. O galeão Santa Maria de Begonha afundou em águas rasas e sua artilharia recuperada serviu posteriormente para a fortificar a Fortaleza de Santo Amaro mais conhecida por Fortaleza da Barra Grande na entrada do canal.
Em 1591, o famoso corsário inglês Thomas Cavendish saqueou Santos, ocupando-a durante dois meses. (diz a lenda que na fuga, Cavendish teria escondido seu tesouro em algum ponto de Guarujá).
para proteger a Vila de Santos de piratas e corsários, foram instaladas fortalezas em pontos estratégicos. São elas, Fortaleza da Barra Grande, Fortim do Góes para dar proteção a retaguarda da Barra Grande, Forte Itapema e Forte São Felipe. Construída com pedras, óleo de baleia e sambaquis, o Forte de Pedra como era mais conhecido o Forte São Felipe do Século XVI, que foi palco de inúmeros ataques indígenas. Próximo dali, foi construída uma das primeiras Igrejas do Brasil pelo Padre Anchieta e José Adorno. O único forte ainda em atividade militar em Guarujá é o Forte dos Andradas.
Conheça como o Guarujá foi fundamental para a construção e consolidação da Capitania de São Vicente. Conheça a Origem do Brasil.